První písemná zmínka o Křižanově a zároveň i o kostele sv. Václava pochází z roku 1239. Je to latinsky psaná listina z roku 1239, kterou první historicky známí majitelé Křižanova - pan Přibyslav se svojí ženou Sybilou (rodiče sv. Zdislavy) – darují patronátní práva ke křižanovskému kostelu brněnskému špitálu sv. Ducha.
Původní románský kostel v místě dnešního kostela byl nejspíše postaven spolu se založením Křižanova možná už v 11. stol. V gotickém slohu byl kostel přestavěn ve 14. století bohatým řádem johanitů, kterému v té době patřila patronátní práva ke kostelu. Z této doby se zachoval dnešní presbytář. V presbytáři dole na pravé straně je gotickou frakturou latinsky psaný nápis z roku 1381, který oznamuje: „tuto archu pořídil kněz Jan k slávě Boží a sv. Jana Křtitele L.P. MCCCLXXXI“. S touto gotickou přestavbou byla postavena samostatně stojící věž s dřevěným ochozem, která měla zřejmě obranný charakter.
V 16. stol. byla vedle kostela vybudována samostatně stojící gotická kaple sv. Michaela. Sloužila jako pohřební kaple křižanovských pánů Lhotských ze Ptení. Jejich náhrobky jsou tam umístěny dodnes (Jan Lhotský ze Ptení, jeho žena a dcera Kateřina).
V 17. století byla hraběnkou Eleonorou Marií z Oppersdorfu rozenou Dietrichsteinovou provedena barokní přestavba kostela. Při ní byla nová barokní loď prodloužená až k věži a spojena s vedle stojící pohřební kaplí. Byl také proražen boční vchod. Nad tímto vchodem je zvenku dodnes zachována kartuš se dvěma vinařskými noži, znakem Dietrichsteinů. Gotické ostění tohoto vchodu bylo použito ze zbourané gotické části kostela. Druhý vchod do kostela ze severní strany byl zazděn.
V druhé polovině 19. století (1884) byl hlavní barokní oltář nahrazen pseudogotickým se sochou sv. Václava a po stranách se sochami sv. Cyrila a Metoděje. Velký barokní obraz znázorňující adoraci sv. Václava a sv. Dionýzia před Pannou Marií s Ježíškem byl přemístěn na zadní stěnu boční kaple sv. Michaela. Autorem obrazu je vídeňský malíř Tobiáš Pock. V této době byla pořízena Führichova křížová cesta.
V roce 1934 byla do kostela pořízena nová barevná okna jako dar křižanovského rodáka Mons. Antonína Bartoše. Při bombardování Křižanova Rudou armádou, která se tím snažila zastavit ustupující německé vojáky, byl s dalšími částmi Křižanova zasažen i kostel. Letecká puma prorazila klenbu boční lodi a tlaková vlna vyrazila všechna okna a zničila varhany.
Kostel byl postupně opravován. Za působení o. Metoděje Kotíka (od roku 1966 do roku 2010) byl kostel celkově opraven a upraven, opatřen novou mramorovou dlažbou, plechová střecha vyměněna za měděnou, pořízena nová socha Panny Marie s Ježíškem a reliéf sv. Zdislavy ve svatební den s rytířem Havlem z Lemberka (autorem obou děl je František Kovařík ze Svratky). Vnitřní uspořádání kostela bylo upraveno v intencích 2. vatikánského koncilu. Byla odstraněna kazatelna, kostelní mřížka v presbytáři a vyroben nový obětní stůl. Do vedlejší kaple byl pořízen nový oltář od brněnského architekta Ludvíka Kolka, který je autorem nových barevných oken. V roce 2020 byla instalována nová křtitelnice zhotovená podle návrhu akademického malíře Milivoje Husáka.
Původní románský kostel v místě dnešního kostela byl nejspíše postaven spolu se založením Křižanova možná už v 11. stol. V gotickém slohu byl kostel přestavěn ve 14. století bohatým řádem johanitů, kterému v té době patřila patronátní práva ke kostelu. Z této doby se zachoval dnešní presbytář. V presbytáři dole na pravé straně je gotickou frakturou latinsky psaný nápis z roku 1381, který oznamuje: „tuto archu pořídil kněz Jan k slávě Boží a sv. Jana Křtitele L.P. MCCCLXXXI“. S touto gotickou přestavbou byla postavena samostatně stojící věž s dřevěným ochozem, která měla zřejmě obranný charakter.
V 16. stol. byla vedle kostela vybudována samostatně stojící gotická kaple sv. Michaela. Sloužila jako pohřební kaple křižanovských pánů Lhotských ze Ptení. Jejich náhrobky jsou tam umístěny dodnes (Jan Lhotský ze Ptení, jeho žena a dcera Kateřina).
V 17. století byla hraběnkou Eleonorou Marií z Oppersdorfu rozenou Dietrichsteinovou provedena barokní přestavba kostela. Při ní byla nová barokní loď prodloužená až k věži a spojena s vedle stojící pohřební kaplí. Byl také proražen boční vchod. Nad tímto vchodem je zvenku dodnes zachována kartuš se dvěma vinařskými noži, znakem Dietrichsteinů. Gotické ostění tohoto vchodu bylo použito ze zbourané gotické části kostela. Druhý vchod do kostela ze severní strany byl zazděn.
V druhé polovině 19. století (1884) byl hlavní barokní oltář nahrazen pseudogotickým se sochou sv. Václava a po stranách se sochami sv. Cyrila a Metoděje. Velký barokní obraz znázorňující adoraci sv. Václava a sv. Dionýzia před Pannou Marií s Ježíškem byl přemístěn na zadní stěnu boční kaple sv. Michaela. Autorem obrazu je vídeňský malíř Tobiáš Pock. V této době byla pořízena Führichova křížová cesta.
V roce 1934 byla do kostela pořízena nová barevná okna jako dar křižanovského rodáka Mons. Antonína Bartoše. Při bombardování Křižanova Rudou armádou, která se tím snažila zastavit ustupující německé vojáky, byl s dalšími částmi Křižanova zasažen i kostel. Letecká puma prorazila klenbu boční lodi a tlaková vlna vyrazila všechna okna a zničila varhany.
Kostel byl postupně opravován. Za působení o. Metoděje Kotíka (od roku 1966 do roku 2010) byl kostel celkově opraven a upraven, opatřen novou mramorovou dlažbou, plechová střecha vyměněna za měděnou, pořízena nová socha Panny Marie s Ježíškem a reliéf sv. Zdislavy ve svatební den s rytířem Havlem z Lemberka (autorem obou děl je František Kovařík ze Svratky). Vnitřní uspořádání kostela bylo upraveno v intencích 2. vatikánského koncilu. Byla odstraněna kazatelna, kostelní mřížka v presbytáři a vyroben nový obětní stůl. Do vedlejší kaple byl pořízen nový oltář od brněnského architekta Ludvíka Kolka, který je autorem nových barevných oken. V roce 2020 byla instalována nová křtitelnice zhotovená podle návrhu akademického malíře Milivoje Husáka.